Wer bisher das Heizen mit einer Ölheizung gewohnt war / ist, für den wird das Entleeren des Aschebehälters die größte Auffälligkeit darstellen. Als Nachteil ist dies allerdings nicht zu werten, sondern eher als Unterschied zur Ölheizung o. ä. Diese Prozedur ist aber nur alle paar Wochen oder Monate (je nach Holzpelletkessel, Pelletart) vorzunehmen und bei guter Pelletqualität fallen auch nur geringe Mengen an: Der Aschegehalt liegt bei 0,5%, d. h. bei 1 t Holzpellets fallen max. 5 kg Asche an.

Eher abschreckend könnten die hohen Investitionskosten zu Beginn wirken, die sich jedoch auch recht schnell amortisieren. Nachteilig für Bewohner von Mietwohnungen ist es, dass das Heizen mittels Pelletheizung nicht so ohne Weiteres möglich ist, da der Hauseigentümer erst zustimmen muss: Hier sind alle Wohnungen betroffen und wenn, dann müssen alle Mietparteien auf Pellets umsteigen. Nässe stellt eine weitere Gefahr dar: Sind keine trockenen Lagerbedingungen gegeben, so droht Nässe, die Presslinge unbrauchbar zu machen.